rms1 (rms1) wrote,
rms1
rms1

Праздник Луддизма

продолжение

Особо для уважаемых katayt и a_p.
Ну, значит, послал я им в Хромовижн аррэй с Her2New на анализ. Аррей приличный, на 365 точек. Сегодня назад прислали, я лично с утра глянул ( чем страшно напугал постдоков). Не, математики проклятые, врёшь, не возмёшь. Я проанализировал 240 точек, мой первоначальный диагноз расходился с машинным в 25 случаях. В 24 случаях машина явно ошиблась – считала эритроциты, пятно грязи, складку на ткани, куда набился краситель. В паре случаев, выбор между 1 и 2 – дело вкуса, я поставил 2, машина 1. С другой стороны, сравнил картинку где я поставил 1, а машина 2 – машина поставила 1 за менее яркую окаску при сравнении с собственной же двойкой. То есть моё 1-2 соответсвовало реальной яркости окраски, а машина пробила в обратном порядке. Тройки, впрочем, все совпали. Хотя машина повыдавла лишних троек, в одном случае вообше на пустое место с отпавшим срезом. То есть если машине давать определять кого лечить антителами, кого нет, то процентов 10-15 получат лечение зря (10 000 на курс), и, что ещё хуже, порядка 5% процентво с невыраженой экспрессией (2) не получат лечения. Дешевле и эффективнее предложить посмотреть патологу. Ситуацию, кстати можно несколько поправить мерами довольно примитивными – лучше подавлять эндогенную пероксидазу, а ещё лучше вовсе отказаться от пероксидазной метки, перейти на шелочную фосфатазу, или вовсе на что-то экзотичесчкое. Правда FDA approval только для пероксидазных китов. А в Европе не знаю. Ну и ещё кое-что. В целом, хотя машина не годится для арреев, но, возможно, может читать стандартные стёкла, где уровень шума меньше. Тем не менее, учитывая потенциальную стоимость решения, я бы поостерегся пока полагаться на машинную считку. Нам мелкоскопов не надо, у нас глаз и так пристрелямши. Кто им интересно FDA approval выдал? Написать, что ли куда в журнальчик. Убьют, нет? Не, подожду, может нашего заключения кто официально попросит...
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 16 comments